
Un auto-entrepreneur doit-il obligatoirement utiliser un logiciel de facturation ?
Bon à savoir
La loi n’impose pas le recours à un logiciel de facturation pour tous les auto-entrepreneurs (autrement appelés micro-entrepreneurs).
1. L’utilisation d’un logiciel de caisse sécurisé
Elle est obligatoire pour les ventes aux particuliers (BtoC), lorsque vous êtes redevable de la TVA. Vous n'êtes pas concerné par ce dispositif si vous bénéficiez du régime de la franchise en base.
De plus, cette obligation s'impose à vous uniquement si vous encaissez des paiements enregistrés dans un système de caisse.
Exemple : si vous exercez une activité de prestations de services payées par virement, par exemple, vous n'êtes pas concerné.
2. La généralisation de la facturation électronique à toutes les entreprises soumises à la TVA
La réforme de la facturation électronique doit entrer en vigueur dans les prochains mois.
À compter du 1er septembre 2026, la réception des factures électroniques sera obligatoire pour toutes les entreprises, y compris les micro-entrepreneurs.
L'obligation d'émettre des factures électroniques entrera en vigueur le 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les ETI (entreprises de taille intermédiaire), puis le 1er septembre 2027 pour les PME (petites et moyennes entreprises) et les micro-entrepreneurs.
Vous devrez pour cela utiliser une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) immatriculée, dont la liste sera publiée par l'Etat ultérieurement.
Bon à savoir
Les entreprises exonérées de TVA par nature (exemples : activités médicales, enseignement) sont exclues du dispositif de facturation électronique. En revanche, les entreprises en franchise en base (micro‑entrepreneurs sous seuils) sont concernées, car elles ne sont pas exonérées “par nature”.
Attention
Tous les auto‑entrepreneurs doivent émettre des factures, même sans logiciel :
Facture obligatoire en B2B.Facture obligatoire en B2C sur demande du client ou pour certaines prestations.
3. La compatibilité des logiciels avec la réforme de la facturation électronique
Au moment de choisir votre logiciel, n'oubliez pas de vérifier qu'il soit "compatible" avec la réforme de la facturation électronique. Une “solution compatible” (SC) est un logiciel de facturation qui peut émettre une facture dans un format informatique conforme aux exigences de la réforme, et qui est raccordé à au moins une plateforme agréée.
Si tel est le cas, vous gagnerez du temps : votre logiciel pourra émettre les factures électroniques et les transmettre directement à la plateforme à laquelle il est raccordé.
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Quels sont les critères pour choisir un logiciel de facturation en micro-entreprise ?
Le choix du meilleur logiciel de facturation pour un auto-entrepreneur implique de prendre en compte plusieurs éléments. Le prix est important, mais il ne doit pas être votre seul critère. Une solution avec des fonctionnalités plus étendues, un haut niveau d’automatisation ou des services allant au-delà de la facturation vous feront gagner du temps, et donc de l’argent.
Rappel
Votre logiciel doit permettre le respect de quatre critères imposés par la loi anti-fraude TVA, à savoir l'inaltérabilité, la sécurisation, la conservation et l'archivage des données.
Ces exigences s’appliquent même si vous utilisez Excel, car elles découlent des règles générales de facturation.
Les fonctionnalités proposées
Commencez par étudier les services inclus dans les différentes formules que vous comparez.
👉 Voici quelques exemples des fonctionnalités souvent proposées par les logiciels de facturation :
la création de factures conformes à la loi (avec l’ensemble des mentions obligatoires, notamment l'identité du vendeur et de l'acheteur, les numéros SIREN/SIRET ou encore le taux et le montant de la TVA) ;
la génération de devis ;
la transformation des devis en factures ;
la conformité avec la réforme de la facturation électronique ;
la gestion des relances pour les créances impayées ;
l’archivage des factures (10 ans pour les factures et 6 ans pour les documents fiscaux) ;
des outils de suivi du chiffre d’affaires ;
l’intégration automatique des ventes dans la comptabilité.
Bon à savoir
Certains de ces services vous seront plus utiles que d’autres. Parcourez les brochures tarifaires des logiciels pour identifier les formules qui incluent l’ensemble des fonctionnalités dont vous avez besoin.
À noter que le logiciel doit pouvoir émettre, recevoir et transmettre les données de transaction et de paiement. Il doit aussi garantir :
une numérotation continue ;
l’impossibilité de modifier une facture validée ;
la traçabilité des corrections ;
la protection des données et supports clients ;
l’hébergement sécurisé ;
la conformité RGPD (accès, rectification, suppression).
Le prix du logiciel
Comme dans toute décision d’achat, le prix de votre logiciel est un critère important. Vous avez le choix entre deux options :
Des logiciels de facturation gratuits pour les auto-entrepreneurs : ces solutions incluent des fonctionnalités de base, mais ne sont généralement pas suffisantes pour accompagner le développement de votre activité.
Un outil payant, plus complet : il vous offre souvent des services complémentaires, qui peuvent avoir un lien direct avec la facturation, ou non. Les applications mobiles peuvent simplifier le pilotage de votre entreprise et sont accessibles pour quelques euros par mois, sous la forme d’un abonnement.
Bon à savoir
La plupart des prestataires proposent plusieurs offres payantes, avec des services plus ou moins étendus. À vous de choisir l’offre qui vous apporte le meilleur rapport entre le prix et les bénéfices !
Les services complémentaires
Certaines fonctionnalités supplémentaires allant au-delà de la facturation peuvent être utiles pour la gestion de votre activité. Un logiciel qui inclut la tenue d’un livre des recettes peut par exemple vous permettre de satisfaire aux obligations comptables de votre micro-entreprise, sans avoir à multiplier les abonnements.
Bon à savoir
La plupart des logiciels de comptabilité pour micro-entrepreneurs incluent une application mobile de facturation.
Le préremplissage des déclarations de TVA et URSSAF peut par ailleurs fluidifier ces tâches administratives rébarbatives.
Enfin, la liaison avec un compte bancaire pro permet de suivre facilement le règlement de vos factures et de l’évolution de votre trésorerie sur une même interface.
Bon à savoir
N’hésitez pas à consulter les avis des logiciels de facturation pour auto-entrepreneur avant d’y souscrire. Le retour de leurs utilisateurs peut vous apporter des informations précieuses.
L’évolutivité du logiciel
La micro-entreprise est idéale pour vous lancer sans trop de contraintes, grâce à des formalités très allégées. Néanmoins, si votre activité se développe, vous serez certainement amené à opter pour un autre statut juridique, avec des obligations comptables renforcées.
Anticipez cette évolution lorsque vous choisirez votre solution de facturation, cela peut vous permettre de gagner du temps dans le futur. En effet, l’adoption d’un nouveau logiciel s’accompagne de nombreux inconvénients : paramétrage, temps de formation ou encore perte de données.
👉 Idéalement, votre outil doit :
pouvoir intégrer la TVA sur les factures de votre micro-entreprise, lorsque vous ne pourrez plus prétendre au régime de franchise ;
faciliter le passage à une comptabilité complète, quand vous quitterez le régime micro-fiscal.
Bon à savoir
De nombreux éditeurs de logiciels proposent une solution qui inclut la facturation et la comptabilité. Cette option peut être intéressante si elle est adaptable à d’autres statuts juridiques que la micro-entreprise.
Faites appel à Kolecto pour gérer vos factures ! C'est la plateforme de gestion administrative et de facturation électronique du groupe Crédit Agricole, agréée et immatriculée par la DGFiP.
Kolecto prend en charge l’émission, la réception, et le e-reporting des factures électroniques au format Factur-X. Elle propose aussi une gestion complète : collecte automatique des factures fournisseurs (OCR), rapprochement bancaire, pré-comptabilité, suivi de trésorerie, export comptable, échange avec l’expert-comptable.
Selon l'offre bancaire souscrite au Crédit Agricole, vous bénéficiez :
de 1 à 2 utilisateurs ;
d'un accès pour votre expert-comptable ;
d'une gestion de 150 factures/an.
Quels sont les logiciels de facturation gratuits pour les auto-entrepreneurs ?
1. Logiciels gratuits de facturation en ligne
Il existe des logiciels de facturation gratuits fonctionnant directement dans un navigateur en ligne. Ils permettent généralement :
la création de devis et factures conformes aux obligations légales (la gestion des acomptes et des retards de paiement) ;
la numérotation automatique ;
l’export PDF ;
un tableau de bord simple.
Il existe tout de même des limites à ces outils, telles que le nombre de factures mensuelles qui peut être restreint ou encore l'absence d'archivage sécurisé.
2. Applications mobiles gratuites
Elles conviennent aux auto‑entrepreneurs qui travaillent en déplacement (BTP, services à domicile, bien‑être, livraisons de biens), leur permettant :
une création rapide de devis et factures ;
un suivi en temps réel des paiements ;
l'envoi par e‑mail.
Cependant, leur format peut limiter les fonctionnalités, la gestion de votre livre des recettes et ne pas être conforme aux exigences d'inaltérabilité du stockage local.
3. Modèles gratuits de factures
Ces modèles permettent de créer des factures simples, mais ne constituent pas un logiciel.
Par exemple, Excel n’est pas interdit, mais il ne garantit pas l’inaltérabilité des données.
Ainsi, vous devrez assurer vous-même :
la numérotation chronologique ;
la conservation des données de facturation ;
les mentions obligatoires.
4. Solutions gratuites limitées d’éditeurs professionnels
Certains éditeurs proposent une version gratuite limitée de leurs offres payantes.
Voici une liste des fonctionnalités généralement proposées :
devis et factures conformes ;
tableau de bord simple ;
quelques automatisations.

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