Quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur ?

En résumé :

  • Les obligations comptables de l’auto-entrepreneur étant limitées, s’équiper d’un logiciel de comptabilité n’est pas obligatoire. 

  • Un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur permet de gagner du temps tout en respectant ses obligations légales et en protégeant ses données.

  • Pour bien choisir un logiciel de comptabilité, l’auto-entrepreneur doit avant tout connaître les besoins propres à son activité et au statut de la micro-entreprise.

Dans cet article

Meilleur logiciel comptabilité auto-entrepreneur

Pourquoi utiliser un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ?

La comptabilité d’une micro-entreprise est allégée par rapport à celle d’une société. Néanmoins, sa tenue demeure incontournable et fait partie intégrante de votre rôle de chef d’entreprise.

La simplification de vos obligations peut vous dispenser d’utiliser un logiciel de comptabilité. Le recours à un tel outil présente cependant plusieurs avantages majeurs.

Bon à savoir

Les avantages de la micro-entreprise incluent aussi un régime fiscal et social simplifié. L’administration calcule le montant de vos impôts et de vos cotisations sociales sur la base de votre chiffre d’affaires.

Respecter les obligations comptables du micro-entrepreneur

Bilan comptable, compte de résultat, rapport de gestion… autant de documents dont vous êtes exemptés en tant qu’auto-entrepreneur ! Si vos obligations sont réduites au strict minimum, vous devez tenir deux états à jour.

  • Le livre des recettes liste les encaissements de l’entreprise, classés par ordre chronologique.

  • Le registre des achats détaille l’ensemble de vos dépenses professionnelles. La loi n’impose sa tenue que pour les commerçants et les auto-entrepreneurs qui fournissent des prestations d’hébergement.

👉 Avec un logiciel comptable, vous vous assurez de respecter le format requis pour ces deux documents. Vous limitez ainsi le risque de redressement en cas de contrôle fiscal.

Bon à savoir

En tant qu’auto-entrepreneur, vous devez aussi établir des déclarations de chiffre d’affaires, chaque mois ou chaque trimestre. Elles permettent le calcul des cotisations sociales de votre micro-entreprise, que vous devez ensuite régler auprès de l’URSSAF.

Un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur vous garantit par ailleurs d’émettre des factures conformes. Elles doivent notamment inclure l’ensemble des mentions obligatoires prévues par la loi.

Gagner du temps dans la gestion quotidienne de votre activité

La gestion administrative et comptable fait rarement partie de vos motivations quand vous devenez micro-entrepreneur. Vous aspirez plutôt à vous concentrer sur votre activité et sur son développement.

Un logiciel de comptabilité vous permet de gagner du temps par rapport à l’utilisation d’un tableur Excel, en intégrant des fonctionnalités qui favorisent l’automatisation de vos tâches répétitives. Vous pouvez ainsi consacrer votre énergie à vos clients !

Bon à savoir

La réforme de la facturation électronique va bientôt s’appliquer aux auto-entrepreneurs. Dès septembre 2026, vous devrez être en mesure de recevoir des factures au format électronique. Puis, en septembre 2027, vos factures de vente devront aussi respecter cette nouvelle législation.

Vous devrez obligatoirement utiliser une plateforme agréée par l’administration fiscale. Certains logiciels comptables ont d’ores et déjà obtenu cette certification !

Protéger les données de votre micro-entreprise

Tenir vos livres comptables au format papier ou sur un fichier Excel vous expose à deux risques majeurs.

  • La destruction (incendie, catastrophe naturelle, perte de votre sauvegarde, etc.).

  • La fuite de données liée à un stockage non sécurisé.

Les logiciels de comptabilité se doivent de respecter des normes strictes en termes de protection et de confidentialité des données. Vos registres et vos pièces comptables sont donc bien plus sécurisés qu’avec un simple stockage sur le disque dur de votre ordinateur.

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Comment bien choisir son logiciel de comptabilité en micro-entreprise ?

Vous devez prendre en considération différents éléments quand vous choisissez votre logiciel comptable. Surtout, vous devez tenir compte des contraintes et des besoins spécifiques de votre activité. Un logiciel peut ainsi être le meilleur choix pour un professionnel, mais il ne sera pas forcément adapté pour un autre.

Bon à savoir

N’hésitez pas à consulter les avis sur les logiciels, en vous appuyant sur des plateformes telles que Trustpilot. Les retours d’utilisateurs peuvent être précieux pour choisir entre plusieurs solutions de gestion !

Les fonctionnalités de votre logiciel pour auto-entrepreneur

Le statut de micro-entrepreneur présente de nombreuses spécificités. Vous devez donc vous doter d’un logiciel adapté à vos besoins. Il doit obligatoirement permettre la tenue d’un livre des recettes, et éventuellement d’un registre des achats.

D’autres fonctionnalités peuvent aussi être très utiles, telles que :

  • la synchronisation bancaire ;

  • l’automatisation des déclarations URSSAF ;

  • un outil de facturation (si possible agréé, afin de préparer la réforme de la facturation électronique) ;

  • un tableau de bord qui permet notamment de suivre votre chiffre d’affaires, et ainsi d’anticiper les franchissements de seuils.

Le coût de votre logiciel de comptabilité

Le coût mensuel de votre logiciel de comptabilité est un critère important. Toutefois, ne vous contentez pas de retenir l’offre la moins chère. Vous devez aussi analyser le prix de votre application au regard :

  • du temps qu’elle vous fait gagner ; ⌛

  • de sa simplicité d’utilisation ;

  • de la sérénité qu’elle vous apporte quant au respect de vos obligations légales.

Logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ou logiciel généraliste ?

Certains logiciels sont dédiés aux travailleurs indépendants. Ces solutions s’adaptent parfaitement à la gestion d’une micro-entreprise, en proposant l’automatisation de vos déclarations de chiffre d’affaires par exemple. Souvent, leur prise en main est facile, puisqu’ils sont destinés à des utilisateurs novices en comptabilité.

Mais attention ! Si votre entreprise est amenée à se développer et donc à évoluer vers un autre statut juridique, vos obligations vont se renforcer. Vous pourriez alors être contraint de changer de logiciel de comptabilité. Une telle démarche est coûteuse et chronophage, et vous expose au risque de perte de données.

Bon à savoir

L’administration fixe la durée de conservation de vos documents comptables à 10 ans.

La deuxième option consiste à retenir un logiciel comptable généraliste, pensé pour un public plus large. En plus de s’adapter à l’évolution de votre structure, il peut vous donner accès à davantage d’outils de gestion.

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