Comment se passe un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ?

En résumé :

  • Un auto-entrepreneur artisan, commerçant ou profession libérale a le droit d’être indemnisé en cas d’arrêt maladie comme tous les travailleurs indépendants.

  • Le montant des indemnités journalières représente 1/730e du revenu d’activité annuel moyen des 3 dernières années.

  • Les IJ sont plafonnées à 65,84 € bruts par jour.

  • Le délai de carence pour être indemnisé est de 3 jours. Vous devez envoyer votre arrêt à l'assurance maladie dans les 48 heures.

  • Si votre revenu est inférieur à 4 582 €/an, vous n’avez pas le droit à des indemnités journalières.

Dans cet article

Arrêt maladie et micro-entrepreneur

Un auto-entrepreneur peut-il être en arrêt maladie ?

Oui, un micro-entrepreneur (ou auto-entrepreneur) peut prétendre au versement d’indemnités en cas d’arrêt maladie.

En effet, un auto-entrepreneur paie des cotisations sociales tous les mois ou tous les trimestres auprès de l’URSSAF. Ces cotisations sociales lui assurent donc une protection sociale.

Pour les auto-entrepreneurs, c’est la Sécurité sociale des indépendants (SSI) qui dépend de la CPAM (l’assurance maladie) qui verse les indemnités.

Bon à savoir

Vous percevez des indemnités indépendamment du fait que vous ayez ou non une mutuelle de micro-entrepreneur. Une mutuelle a uniquement pour rôle de compléter les remboursements de vos frais de santé.

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Quelles sont les conditions pour percevoir des indemnités en cas d’arrêt maladie en micro-entreprise ?

Si vous êtes micro-entrepreneur artisan, commerçant ou profession libérale, les conditions d’indemnisation sont similaires. En revanche, si vous exercez une activité salariée, il y a quelques spécificités.

Si vous êtes micro-entrepreneur artisan ou commerçant

✅ En tant qu’artisan ou commerçant en micro-entreprise, vous avez le droit à une indemnisation en cas d’arrêt maladie à 3 conditions :

  1. avoir cotisé depuis plus d’un an (12 mois d’affiliation continus) ;

  2. avoir un revenu professionnel supérieur à 4 582 € par an en 2026 sur les trois dernières années. Si le revenu professionnel est inférieur à ce seuil, les indemnités journalières (IJ) sont nulles ;

  3. avoir une prescription médicale d’arrêt maladie.

Attention

Le revenu professionnel n’est pas le chiffre d’affaires. Il s’agit de deux choses différentes. On vous explique après comment le calculer pour connaître vos indemnités journalières !

Si vous êtes micro-entrepreneur en profession libérale 

Avant le 1er juillet 2021, les indemnités maladie étaient limitées voire inexistantes pour certaines activités libérales.

C’est désormais terminé : toutes les professions libérales ont le droit aux indemnités journalières.

Vous y avez le droit si vous exercez une activité libérale réglementée ou une activité libérale non réglementée, que vous soyez affilié à la Sécurité sociale des indépendants (SSI) ou à la CIPAV 🙌.

Bon à savoir

Pour bénéficier d’une indemnisation, les mêmes conditions que pour les artisans et commerçants s’appliquent.

Si vous êtes micro-entrepreneur et salarié

Vous pouvez également bénéficier d’indemnités en cas d’arrêt maladie si vous cumulez le statut de salarié et celui de micro-entrepreneur.

Sachez néanmoins que la CPAM ne prend en compte que vos revenus de salarié dans le calcul de vos indemnités en cas d’arrêt de travail et pas vos revenus de micro-entrepreneur.

Pour être indemnisé, il faut avoir travaillé :

  • Pour un arrêt inférieur à 6 mois : 150 heures de travail au cours des 90 jours précédents ou avoir cotisé un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du SMIC horaire au cours des 6 mois précédents.

  • Pour un arrêt supérieur à 6 mois : 600 heures de travail au cours des 365 jours précédents ou avoir cotisé sur un salaire de 2 030 fois le montant du SMIC horaire pendant 12 mois. Vous devez aussi être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois dans les deux cas.

Bon à savoir

Si vous n’avez pas le droit à des indemnités journalières car votre revenu est trop faible, vous pouvez demander à toucher des indemnités de votre ancienne activité salariée si vous avez été salarié.

Comment sont calculées les indemnités journalières des micro-entrepreneurs ?

On vous explique concrètement le calcul à faire pour déterminer le montant de vos indemnités en cas d’arrêt maladie en micro-entreprise.

Le calcul pour les micro-entrepreneurs artisans et commerçants

L’indemnité journalière versée aux micro-entrepreneurs artisans ou commerçants est obtenue selon la formule suivante :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

En micro-entreprise, le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de l’activité :

  • 71 % pour les activités de vente (BIC - bénéfices industriels et commerciaux) ;

  • 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (également BIC).

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - (abattement forfaitaire)

En 2026, le PASS est fixé à 48 060 € et l’indemnité journalière est limitée à 65,84 € bruts maximum.

65,84 € bruts par jour

👉 Vous vous demandez combien vous allez toucher réellement ? Voici la réponse à votre question avec un exemple concret pour un micro-entrepreneur exerçant une activité artisanale.

Exemple

Mathilde, créatrice de bijoux 💍, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

  • 2023 : 18 000 €

  • 2024 : 22 000 €

  • 2025 : 27 000 €

Étape 1 – Calcul du chiffre d’affaires moyen :


(18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €

Étape 2 – Application de l’abattement forfaitaire :

Mathilde exerce une activité de prestations de services artisanales, donc abattement de 50 % : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 – Calcul de l’indemnité journalière :


11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour

💶 Mathilde percevra 15,29 € bruts par jour d’arrêt maladie en 2026.

Bon à savoir

En raison de la crise sanitaire liée à la COVID-19, le gouvernement avait mis en place des aides aux micro-entrepreneurs. Ainsi, les revenus 2020 peuvent être écartés si le calcul de l’indemnité journalière est plus favorable en tenant compte des années précédentes. Cette mesure vaut également pour le calcul de l’indemnité de congé maternité en micro-entreprise.

Le calcul pour les micro-entrepreneurs professions libérales

Le montant de l’indemnité journalière des professions libérales est déterminé de la même manière que pour les autres activités :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

Les professions libérales relèvent du régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC). À ce titre, un abattement forfaitaire de 34 % est appliqué sur le chiffre d’affaires annuel moyen pour déterminer le RAAM.

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - 34 %

Pour les autres professions libérales, le montant des indemnités est le même que pour les artisans et commerçants, soit maximum 65,84 € en 2026.

👉 Combien pouvez-vous percevoir réellement ? Voyons ensemble un exemple concret pour un micro-entrepreneur exerçant une activité libérale.

Exemple

Léo, développeur web 👨‍💻, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

  • 2023 : 35 000 €

  • 2024 : 45 000 €

  • 2025 : 50 000 €

Étape 1 – Calcul du chiffre d’affaires moyen :


(35 000 + 45 000 + 50 000) / 3 = 43 333 €

Étape 2 – Application de l’abattement de 34 % (BNC) :


43 333 € × 66 % = 28 599 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 – Calcul de l’indemnité journalière :


28 599 € / 730 = 39,17 € par jour

💶 Léo percevra donc 39,17 € bruts par jour en cas d’arrêt maladie.

Comment déclarer un arrêt maladie en micro-entrepreneur ?

Voici ce qu’il faut savoir sur les démarches et les modalités concrètes de votre indemnisation.

Les délais à retenir

Délai de déclaration 

Dans les 48 heures

Délai de carence

3 jours

Délai maximum d’indemnisation

90 jours pour un même arrêt, 360 jours par période de 3 ans

Les démarches auprès de la CPAM

La procédure à suivre pour déclarer un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur est la même que pour les salariés.

Checklist

Pour déclarer votre arrêt de travail, vous devez :

  1. Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt maladie à la CPAM dans les 48 heures par mail, téléphone ou voie postale.

  2. Respecter les heures de présence obligatoire à domicile.

  3. Stopper réellement votre activité professionnelle.

Notez que votre médecin peut opter avec votre accord pour la télétransmission auprès de l'assurance maladie. Dans ce cas, vous ne recevrez qu’une seule feuille.

Le versement des indemnités

Le délai de carence est de 3 jours en cas d’arrêt maladie. Vous commencez à percevoir des indemnités à partir du 4e jour.

Dans certains cas (comme les affections de longue durée), ce délai de carence peut être supprimé.

La CPAM verse les indemnités en moyenne tous les 15 jours. Les indemnités sont versées pendant 90 jours au maximum pour la durée totale d’un même arrêt de travail.

Bon à savoir

Vous avez le droit à 360 jours d’indemnisation par période de 3 ans pour un arrêt sans rapport avec une affection de longue durée (ALD).

3 conseils pour bien réagir en cas d’arrêt maladie en micro-entreprise

Vous êtes malade et craignez d’interrompre votre activité ? Voici nos conseils pour mieux gérer cette période.

Conseil numéro 1 : décrocher et se reposer

Être à son compte peut générer du stress en cas de maladie : culpabilité, instabilité financière… Vous pouvez avoir l’impression que votre activité ne va pas pouvoir tourner sans vous ! Mais rassurez-vous, vos clients pourront sans doute attendre un peu.

Acceptez la situation et ne cherchez pas à tout prix à continuer à travailler. Prenez le repos dont vous avez besoin pour revenir en plus grande forme !

Attention

Sachez que vous n’avez pas le droit d’être en arrêt maladie et de continuer à travailler même si vous êtes micro-entrepreneur.

Conseil numéro 2 : prévenir ses clients et anticiper son retour

Si vous sentez que vous allez devoir stopper votre activité, essayez de prévenir au plus tôt vos clients pour qu’ils s’organisent.

Vous pouvez leur donner un délai indicatif de reprise du travail si c’est possible.

Bon à savoir

N’hésitez pas à communiquer avec eux régulièrement pour les rassurer et prévoir votre retour.

Conseil numéro 3 : envisager une prévoyance individuelle

L’indemnisation des arrêts maladie en micro-entrepreneur n’est pas toujours optimale.

N’hésitez pas à vous protéger davantage si besoin.

Si vous souhaitez augmenter votre protection, vous pouvez souscrire à un contrat de prévoyance. Une prévoyance vous permettra de bénéficier d’indemnités plus élevées en cas de maladie qui viendront compenser la baisse de chiffre d’affaires.

Bon à savoir

Une assurance prévoyance peut maintenir votre salaire au niveau que vous souhaitez.

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